Lambang UNISI berbentuk oval berdiri yang terdiri dari Sket Puri Tujuh, bahasa Arab yang bertuliskan Jāmi’ah Indragiri Al-Islāmiyah, gelombang 5 (lima) buah, lingkaran berbentuk elips, tulisan Universitas Islam Indragiri dalam lingkaran berbentuk elips, tulisan Ilmu Karya Abdi dalam lingkaran berbentuk elips, dan tulisan UNISI.
Lambang memiliki makna:
- Sket Puri Tujuh, melambangkan aspek sejarah/kebudayaan Daerah Kabupaten Indragiri Hilir pada periode Melayu Tua seperiode dengan Kerajaan Sriwijaya. Maka di Indragiri Hilir, sebuah Kerajaan Melayu yang bernama Keritang terkenalnya Kerajaan Keritang adalah karena Puri Tujuh yang gapura (pintu gerbang) sebanyak 7 (tujuh) lapis. Dapat pula diartikan sebagai sampiran bahwa di daerah Kabupaten Indragiri Hilir mengalir tujuh buah sungai besar. Landasan Puri Tujuh, yaitu sket perahu dengan perigi, juga merupakan/mempunyai nilai historis, yaitu kebesaran Indragiri Hilir Lama. Dapat juga mempunyai fungsi masa depan; kejayaan di laut/sungai adalah semangat yang tidak kunjung padam.
- Bahasa Arab yang bertuliskan Jāmi’ah Indragiri Al-Islāmiyah, memiliki pengertian bahwa Universitas Islam Indragiri mengembangkan ciri kehidupan masyarakat Melayu yang Islami.
- Gelombang 5 (lima) buah, melambangkan ideologi Pancasila.
- Lingkaran berbentuk elips, bermakna semangat persatuan dan kesatuan.
- Tulisan Universitas Islam Indragiri dalam lingkaran berbentuk elips, nama universitas.
- Tulisan Ilmu Karya Abdi dalam lingkaran berbentuk elips, bermakna pengembangan ilmu pengetahuan untuk berkarya dan mengabdi pada nusa dan bangsa.
- Tulisan UNISI, merupakan singkatan Universitas Islam Indragiri.
- Warna dasar hijau, melambangkan kesuburan tanah Indragiri Hilir.
- Warna kuning, melambangkan pancaran sinar yang bermakna kelestarian ilmu pengetahuan yang diajarkan pada UNISI.
- Warna hitam, melambangkan komitmen yang tinggi dalam melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi.
